灵芝真菌病害的主要原因是：灭菌不彻底，培养基中的杂菌没有被杀死。周围环境不卫生，杂菌太多。在培养或装载过程中，不遵守操作规程，为杂菌的滋生提供场所。
灵芝从制种到栽培都受到杂菌的危害。要注意周围环境的卫生，杜绝感染的机会。灵芝栽培过程中，如有绿霉菌、曲霉菌等杂菌，应及时通风，降低栽培场地温度，控制在25以下。同时用石灰水擦拭患处，抑制绿霉菌的生长。适当降低空气中的相对湿度有利于抑制霉菌的生长。生产灵芝菌种时，培养料必须彻底消毒灭菌。接种灵芝时，应严格按照无菌操作规程进行。如发现污染，应及时处理。
